1946年8月，应辛树帜校长邀请，何日章担任国立兰州大学图书馆主任（相当于馆长）。何日章在其任职的短短两年多时间里奋勇开拓，励精图治，努力致力于改善办馆硬件，加强馆藏、制度和服务的建设，将一个“不敷使用”的地方学校图书馆建设成为西北一流的学术图书馆。何日章对兰大图书馆的发展居功至伟，被誉为兰大图书馆历史上的一大功臣。
何日章到任兰州大学图书馆后，首先改善馆舍条件。当时国立兰州大学图书馆的馆舍属 “内含外表，一仍旧规，无多添设”的阶段。何日章一上任就对这两处馆舍加以修葺，增开窗门，加装玻璃，空气光线均比以前充足。从甘肃学院和西北医学院接收的两所图书馆馆舍简陋，规模狭小，后虽多次扩充，仍不能适应书库扩大和阅览人数增多的要求，新馆图书馆的修建迫在眉睫。在何日章促成下，1948年春，开始扩建新馆，同年11月，新馆落成，为二层建筑，面积1616平方米，能容纳30万册书籍，命名为“积石堂”。
馆藏建设是图书馆存在与发展的根本，而馆藏数量的增加是图书馆发展的最重要标志。对此，何日章洞若观火。在他的主持下，相关人员广泛搜罗中外各种资料，在藏书建设上取得了重大突破。何日章刚接手时国立兰州大学图书馆仅有70余种杂志，远不能满足一所现代综合性高校的学术研究需求。仅两年的时间，藏书数量就急剧攀升，跃居甘肃省藏书之最，“兰州市公私藏书之富，未有逾于本馆者矣。”馆藏中外杂志近千种，兰大所设的每个学科，均拥有数种国际最著名的刊物。顾颉刚在《国立兰州大学图书馆概况》序言中写道：入图书馆，则中外图书杂志充塞老屋数十椽，如登群玉之峰，为宝气所震慑。可见当时学校图书馆馆藏之丰富。
建馆之初，何日章就制定兰大图书馆的藏书方略。在他的指导下，兰大图书馆藏书质量和馆藏利用优选法都大幅度提升，馆藏特色也逐渐鲜明。何日章要求“近50年之著述与今人呼吸相通，故亦必求齐备”，体现他具有了现代图书馆的藏书意识：重在用，而不在藏。基本图书多采用复本采藏的原则，何日章认为西北地区多贫困学生，无力购书，“对各科重要教本及国学基本用书多备复本，俾好学之士，得免向隅之叹。”此举既提高了图书的使用效率，又得到广大师生的赞誉。古籍收藏方面注重丛书世著，设丛书室，藏有《丛书集成》《四库全书珍品》等书籍。同时确定以西北史地、边疆研究资料为特色藏书。兰大处于西北，为配合学校繁荣西北学术、服务西北社会以及边疆开发研究这一办学宗旨的重点战略，何日章作为一个图书馆管理者，提出“西北史地有待研究之问题实多，故凡有关西北史地之著作，本校必尽力搜求之。”“杂志为一代学术之总汇，故全世界学术性之杂志务求其全。”这充分体现了何日章的高远眼光和宏大气魄。
图书分类编目是现代图书馆最重要的基础工作。何日章上任后发现从甘肃学院和西北医学院接收来的两万多册图书，没有系统的分编，凌乱不堪。何日章事无俱细，事必躬亲，亲手设计了兰大图书馆各种图表标签，皆美观大方，合理实用，充分体现了何日章脚踏实地的工作作风和敬业精神。
何日章十分重视馆规和制度建设，他把自己在河南省图书馆和国立北平师范大学、国立西北师范学院丰富的办馆经验、现代图书馆管理的理念都落实应用到建设兰州大学图书馆上，建立了一整套科学的组织管理制度和管理方法并加以实施，何日章在主持国立兰州大学图书馆时期编撰了介绍本馆建设情况的《国立兰州大学图书馆概况》，该书详尽描述了当时图书馆的馆舍情形、藏书状况、规章制度以及今后的工作计划等。何先生制订了一系列的馆员办事通则和各部办事细则。其中登购部办事细则l2条，编目部办事细则18条，阅览部办事细则15条，这些细则细密详尽，规范了各部馆员的工作职责、纪律、办事细则，对图书馆实施科学管理起到了重要作用。
国立兰州大学图书馆以其完备的规章制度和开明的服务理念，为其后半个多世纪兰州大学图书馆事业的发展奠定了坚实的基础。何日章的“图书十进分类法”的使用，使得国立兰州大学图书馆走上严谨科学、便于利用的现代图书馆事业发展之路，对日后兰州大学孕育学者和培养人才产生了深远的影响。
兰大人永远不会忘记何日章的功绩：“仅仅二年之力，轶出他人数十载之功，其魄力之沈雄，何可及哉！”